| Lorsqu’il s’agit de stocker un nombre plus important de cryotubes, il est généralement préférable de les stocker dans des boîtes. Les boîtes permettent un tri et une séparation plus faciles que les bandes. Le matériel stocké peut donc être rangé selon une certaine logique et plus aisément retrouvé. Le LS750 est un modèle intermédiaire entre le HC et le LS : cette cuve est identique au modèle VHC35, mais elle comporte des tours avec des boîtes. Le VHC35 est muni de canisters, dans lesquels sont placées les bandes. Il est possible d’utiliser les deux systèmes dans une même cuve.
A partir de la série LS3000, les modèles utilisent des boîtes de 135 X 135 mm. De 81 à 100 ampoules peuvent y être stockées, selon que les tubes sont équipés d’un filet intérieur ou extérieur. De grandes boîtes, équipées de séparations pour les visotubes de différentes dimensions, sont également disponibles. Grâce à la faible consommation des cuves, le remplissage n'est nécessaire qu'une fois tous les deux ou trois mois. Les cryoconservateurs LS4800 et LS6000 peuvent, néanmoins, être livrés avec un système de remplissage automatique, qui contrôle et ajuste le niveau du liquide
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